Geografie, klima a přírodní zajímavosti
Poloha
Českobudějovická pánev se táhne severně a severozápadně od města a je bohatá na rybníky. Největšími rybníky na území města jsou Starohaklovský rybník - 44 ha. Z ostatních směrů je Českobudějovická pánev v relativní blízkosti města zřetelně ohraničena terénními vyvýšeninami: Lišovský práh ji na severovýchodě odděluje od Třeboňské pánve, na jihovýchodě a jihu se nachází podhůří Novohradských hor, na jihozápadě a západě pak podhůří Šumavy, konkrétně Blanský les s Kletí.
Podnebí
Budějovické podnebí je mírně teplé, vlhké a s mírnou zimou. Projevuje se efekt blízkých pohoří Šumava, Novohradské hory a slabě i vliv Alp, což způsobuje fénové efekty při jižních a jihovýchodních větrech - srážkový stín a zvýšení teploty, na druhé straně k opačnému efektu dochází při severních a severozápadních větrech. Nejčastěji zde vanou západní a severozápadní větry, významný je i podíl větrů východních a jihovýchodních. Poloha na dně mělké široké pánve omezuje proudění vzduchu, což je patrné za zimních inverzí. Rybníky v okolí způsobují časté a husté mlhy zejména v severozápadní části města. Hustá zástavba a široké betonové či vydlážděné plochy způsobují obecně nižší rychlost větru a vyšší teploty v centru města - oproti městským okrajům.
Povodně
Poloha v mělké pánvi na soutoku dvou velkých řek vystavuje České Budějovice značnému riziku povodní. Nejčastěji se rozvodňovaly Dobrovodský potok a Malše. Riziko povodní od Vltavy výrazně pokleslo na konci 50. let, kdy byla postavena vodní nádrž Lipno. Město tak postihly až pětisetletá povodeň v srpnu 2002, největší v historii Českých Budějovic - průtok vody Malší a Vltavou byl deset až patnáctkrát vyšší oproti průměru a asi o polovinu vyšší než při rozsahem následujících povodních z let 1888 a 1890. Při všech těchto povodních trpělo jak centrum města, tak některé jeho další části - obzvlášť exponovaná je Havlíčkova kolonie podél Malše.